Dia dulu mantan tentara, mantan menantunya Soeharto. Soeharto dulu sangat represif terhadap gerakan Islam dan Komunis. Kasus Lampung dan Tanjung Priok antara umat Islam dan pemerintah, diselesaikan secara adat oleh militer.

Dulu, Gus Dur yang berbasis massa NU berani melawan bersama tokoh yang sepaham. Gus Dur dianggap Kyai mbalelo, pernah Soeharto mengirim Prabowo untuk membawa pesan kepada Gus Dur.