Sementara itu, kaum substansialis menganggap agama bukan segalanya. Bagi mereka, spiritualitas jauh lebih utama. Dan memang ini adalah cirinya: mereka suka membedakan antara agama dan spiritualitas, seolah yang terakhir lebih murni daripada yang pertama. Sudah tentu mereka melihat ritual, syariat, liturgi, kanon, dan berbagai teks ajaran agama lainnya sebelah mata. Dalam keseharian mereka sering disebut sekuler, pluralis, atau liberal. 

Pangkal masalahnya adalah karena nalar NU bukan nalar negara. Nalar NU adalah nalar masyarakat sipil. Perhatian utama para kyai pesantren NU adalah bagaimana memelihara tradisi keagamaan yang baik di masyarakat. Pemerintahan, termasuk pengelolaan anggaran, adalah dunia yang relatif asing bagi sebagain besar kaum santri.