Covid Sampai di Indonesia 10 Januari 2019?

ilustrasi

Oleh : Sidrotun Naim 

Di status sebelumnya, saya sebutkan bahwa analisis nextstrain menunjukkan bahwa virus-virus yang awal masuk Indonesia, kemungkinan sudah ada di bulan Februari, bahkan Januari. Lebih awal dari kasus pertama yang terkonfirmasi dan dilaporkan pada 2 Maret 2020.

Kemarin, saya menahan diri untuk mendetailkan ini secara langsung, karena teringat pesan Nyai dan Kiai di yang mengajarkan bioinformatik. Beliau-beliau bilang begini: "Kalau nekat, riset tentang bioinformatik itu bisa tanpa wet-lab sedikit pun. Ambil saja semua data publik di GenBank, di GISAID, dll, apalagi kalau datanya sudah banyak, kemudian tinggal dianalisis. Tapi, itu tidak etis. Kalau mau publikasi atau baca data orang, setidaknya tambahkan satu data sendiri kemudian bacalah datamu dengan memasukkan data-data lain yang sudah ada." Jadi, analisis mendalam sampel Indonesia, kita tunggu dari Eijkman dan Airlangga saja ya, misal terkait CRISPR, microvariant, island, dll.

Karena teringat pesan para guru, saya hanya bacakan apa yang ada di nextstrain, dan publik. Satu jalur saja yang menurut saya paling menarik. Jalur lain silahkan baca sendiri sekalian crosscheck di nextstrain ya. Hari ini, nextstrain menampilkan 5040 data global, dimana 9 di antaranya adalah sampel Indonesia.

Perhatikan arah jam 7 dari gambar. Garis biru tebal itu menuju ke dua sampel di Indonesia: EIJK0141 dan ITD853Sp. Anggota dari jalur ini hanya dua sampel tersebut. Tidak ada dari negara lain. Terkonfirmasi oleh keterangan di kotak hitam, bahwa turunan (descendants) di jalur ini hanya dua. Garis ini diestimasi sudah masuk Indonesia tanggal 10 Januari 2020 (dengan rentang 17 Desember 2019 s.d. 2 Februari 2020). Probabilitas tanggal tersebut di Indonesia 99%, sedangkan kemungkinan masih di Tiongkok hanya 1%. Jalur ini tentu saja direct dari Tiongkok, tidak pakai jalan-jalan ke negara lain dulu, Tujuh sampel Indonesia yang lain, silahkan cek sendiri ya, leluhurnya sampai di Indonesia kisaran tanggal berapa.

Sampel EIJK0141 diambil pada tanggal 17 Maret 2020 di Jakarta, sedangkan ITD853Sp tanggal 25 Maret 2020 di Surabaya. Artinya, antara tanggal 10 Januari ke 17 Maret dan 25 Maret, sudah berapa kali berpindah/ menular antar orang? Berapa jumlah turunannya sampai hari ini? Sudah beredar dimana saja? Data ITD yang satu lagi (arah jam 4) juga 'menarik' karena 'tercecer'. Menjadi clues ada dinamika tersendiri di Jawa Timur.

Bagaimana sih dua sampel ini bisa tidak punya teman sampel lain di dunia? (1) boleh jadi, ketika sampel yang masuk ke nextstrain lebih dari 5040, akan ketemu temannya. (2) Tidak banyak teman bisa berarti bahwa jalur ini paling tidak fit sehingga tidak berkembang, tapi somehow berhasil keluar dari Tiongkok dan masuk Indonesia sekitar tanggal 10 Januari 2020 tersebut. (3) Tidak banyak teman bisa juga berarti paling fit/ canggih strateginya, tidak banyak ketahuan karena tidak menimbulkan gejala, tapi sudah menularkan. (4) Dari 5040 data yang dengannya pohon filogenetik dibuat, ada yang secara kualitas kurang baik dan mempengaruhi pohon secara keseluruhan. Misal, jalur/ cabang yang anggotanya hanya 2 dari Indonesia itu, nyata atau tidak? Jika di kemudian hari dikoreksi sehingga cabang ini hilang dan bergabung dengan cabang lain, maka estimasi masuk Indonesia akan auto-geser.

Sekali lagi, tidak bisa buru-buru disimpulkan bahwa dua sampel Indonesia di atas lebih ganas/ lemah, lebih menular / lebih berdamai, atau interpretasi lain. Kecuali, kalau data klinisnya konsisten menunjukkan bahwa anggota jalur ini viral load-nya selalu tinggi (atau rendah), kondisinya parah atau tidak, dll. Atau, kalau dieksperimenkan di lab, dan antar jalur yang berbeda menunjukkan infeksi yang berbeda. Selama tidak ada data-data ini, maka kita hanya bisa sebatas menyimpulkan ada genetic diversities di Indonesia; tapi ya masih sars-cov-2.

Nah, kalau benar di Indonesia kisaran tangal 10 Januari 2020 sudah ada, tetapi tidak pernah ada kasus terkonfirmasi sampai dengan 2 Maret 2020, apa yang terjadi dengan orang-orang yang terinfeksi antara tanggal 10 Januari s.d 1 Maret 2020? Hmm, antara sakit sendiri, sembuh sendiri (kalau infeksi ringan), atau tidak sempat diperiksakan, memburuk, dan meninggal sendiri (untuk infeksi berat). Ya, sembuh sendiri dari dulu ada. Begitu juga mati sendiri tanpa ada penanganan.

Ada yang bertanya begini: "Kalau benar sejak 10 Januari sudah di Indonesia, sekarang sudah tepat 4 bulan, berarti sudah mendekati berakhir dong, dibanding misal baru 9 minggu sejak 2 Maret?" Hmm, itu terdengar seperti ada yang memberi saran: "Kalau kelelawar tidak mati karena sars-cov-2, bagaimana kalau cari antibodinya kelelawar saja, terus dibuat vaksin?" Hmm, terdengar spektakuler, seperti saran minum desinfektan!

Nah, kalau PSBB mau mulai direlaksasi, apakah itu keputusan yang benar kalau kita tahu bahwa 'musuh' yang dihadapi macam-macam dan arus masuk dari luar, dan juga transmisi lokal masih terus terjadi? Para dokter dan analis di lab sedang berjibaku. Di saat bersamaan, kondisi makin sulit bagi banyak orang. Di Jabar misalnya, biasanya 9 juta warga yang perlu bantuan, sekarang total yang mengajukan sudah 38 juta kata Pak Gubernur.

Terima kasih yang mencapture-kan gambar ini dengan MacOs, untuk membuktikan bahwa Anda pun juga bisa kalau ke nextstrain sendiri. Teman saya sama sekali bukan orang biologi, Otaknya lebih moncer dibanding saya dalam membaca analisis-analisis nextstrain, setelah saya briefing sedikit dulu. Bahkan saya tawarkan, kalau mau pelajari program MEGA yang simpel, atau pelajari dulu sedikit statistik terkait filogenetik, terus pelajari program Mr.Bayes dan RaxML kalau mau konstruksi pohon sendiri. Ada program-program lain juga.

Sumber : Status Facebook Sidrotun Naim

 
Thursday, May 28, 2020 - 09:30
Kategori Rubrik: